Ну раз это вертикальное направление, ищи ослабление, отрыв или "мягкую лапу", в районе одной из лап под полевым подшипником. Иногда, вместо "П"-образных центровочных пластин, под лапы суют просто полоски жести с одной стороны болта, что тоже может вызвать такую вибрацию, так как это один из видов "мягкой лапы".
Часто, на работающем механизме, ослабление можно обнаружить на ощупь. Контурную делают в таком случае только для отчёта. Попробуй сначала прощупать места стыков - лапа/рама, рама/фундамент и если подшипниковый узел консольный, то места его крепления к корпусу. Если ничего не найдёшь, сними контурную.
Отбалансировать ротор секционного насоса в собственных подшипниках практически невозможно, нужен балансировочный станок. Но и на станке не всё так просто из-за относительно большой длинны ротор "податливый" и требуется "поэлементная балансировка, особенно на зарезонансных станках. В собственных подшипниках можно только слегка "подбалансировать" грузом в полумуфту, но не имея опыта лучше этого не делать.