В Вашем вентиляторе вижу сразу четыре проблемы:
1. Износ муфты, который привел к существенной динамической расцентровке валов двигателя и вентилятора. Признак - большое количество мощных гармоник, кратных оборотной частоте, не на одной, а на нескольких опорах. В программе признак несоосности - бой вала
2. Ослабление креплений, скорее всего - не держит какой-то из болтов. Признак - модуляция гармоник половиной частоты вращения. Это признак автоколебаний ротора, а в агрегате с подшипниками качения автоколебания - следствие плохих креплений, еще один признак ослаблений - преимущественные колебания в одном направлении на нескольких частотах. Программа автоколебания часто принимает за сепараторные частоты
3.Дефекты рабочего колеса (аэродинамический дисбаланс) это может быть и деформированная лопатка, и сбитая ось колеса относительно оси подшипника (вала). Признак общий с признаком дефекта муфты (обкатывание вала), наличие этого дефекта может подтвердить повышенная оборотная вибрация опор вентилятора в осевом направлении.
4. Дефект внутреннего кольца подшипника вентилятора. Скорее всего он разбит плохой муфтой, точнее, появившейся из-за нее динамической несоосностью валов. Не ее ли Вячеслав называет поводковым эффектом? Программа ищет дефекты поверхностей качения хорошо, но иногда из-за не очень высокого разрешения по частоте может путать сепараторные гармоники с половинками оборотки
Попытаться балансировать Ваш агрегат, конечно можно, но сложно и результат по общему уровню вибрации в полосе частот 10-1000гц будет плохим. Лучше сначала приведите в порядок муфту, вплоть до замены, а после этого балансируйте с гарантированным результатом.

Муфта используется С ТОРООБРАЗНОЙ ОБОЛОЧКОЙ.
Раму все обтянули.
Центровку я делаю сам, попробую конечно выставить по высоте, чуть больше. но с такой муфтой мне кажется не сильно это повлияет
Подшипникам всего где то 3 года.

Торообразная муфта похоже и выдаёт все эти проблемы с динамической расцентровкой, боем вала и обкатыванием подшипника. Теоретически она позволяет расцентровку до нескольких миллиметров. Но, она работает как пружина, чем больше расцентровка, тем больше усилие стягивающая валы. Возможно при центровке двигателя ниже вентилятора, упругости резины достаточно для разгрузки подшипника вентилятора до такой степени, что вал ветилятора срывается в автоколебания и обкатывание подшипника. О чем пишет Алексей Васильевич. Плюс из-за возможной проблемы с креплением дополнительно возникает динамическая рацентровка, которая усугубляет картину.

Мои рекомендации прежние. Проверка крепления корпусов подшипников к ходовой части, ходовой части к раме/фундаменту, рамы к фундаменту. И обязательно нужно проверить крепление двигателя и его рамы к фундаменту, особенно правильность укладки центровочных пластин под лапы.
Прицентровка двигателя выше вентилятора, но без фанатизма. Главное чтобы муфта своей упругостью не разгружала подшипник, нагруженный вверх.

Скорее всего не правильно собрана муфта.