Подскажите, когда в режиме анализатора на приборе Агат-М (Диамех 2000) я выставляю мкм/пик, общий уровень на дисплее прибора показывает в мкм или в мм? (На графиках шкала стоит мкм/Гц)

Что написано, то и показывает.
Зачем тебе мкм/пик, амплитуда перемещения? Отраслевой стандарт или предприятия?
Старые ГОСТ регламентировали измерение перемещения в представлении Размах, он же Двойная Амплитуда, он же 2А, он же Пик-Пик. Сейчас в ГОСТ регламентируют СКЗ и перемещения и скорости.
Вообще в чём проблема? Миллиметры от микрометров отличаются на ощупь и даже визуально. Как никак три порядка разница. 5 мкм/пик это очень слабая вибрация, а 5 мм/пик - оборудование с фундамента срывает!