Насколько я понимаю, нагрузку на вентилятор вы меняете не заслонками, а частотой вращения. Естественно, что при больших изменениях частоты вращения Вы можете нарваться на резонанс. Надо понять, на какой резонанс вы попали, тогда можно решать вопрос, как его сместить с нужной для работы вентилятора частоты вращения. А резонанс может быть и не на частоте вращения, а на ее гармониках или на гармониках частоты напряжения питания двигателя на этом режиме.
Если Вы использовали более жесткие узлы крепления рамы к фундаменту, а частота резонанса не изменилась - значит причина резонанса другая, в самом агрегате.
Так что первая задача - определить что и на какой частоте резонирует.
После этого можно давать советы
Сейчас советовать можно лишь то, как искать резонирующий узел, а для этого надо знать Вашу виброизмерительную технику.