Вячеслав, добрые день. По сути проблема не решена, и ее признаки в разном виде наблюдаются и сейчас. С вашими выводами отчасти согласен, но вопрос в причине остается. Соответствие геометрии вала и втулки подтверждено измерениями (при монтаже, после ремонта), никакой деградации быть не может, подшипник новый и монтируется по технологии (выдержаны все: зазоры, усилия натяга и т.д.). То есть логично предположить, что это конструктивная проблема самого подшипникового узла.

Если правильно помню, у вас ещё один двигатель аналогичной мощности и два 7 МВт-ных, с такими же конструктивными доработками подшипниковых узлов. Но проблема с шестой гармоникой только на этом!

Лень пересматривать всю переписку. По памяти, в радиальных направлениях шестой гармоники нет или слабо выражена, по вертикали преобладают чётные, по горизонтали первая гармоника и затухающие более высокие.
Я наблюдал аналогичную картину в радиальных направлениях, когда на валу молотковой дробилки "разбило" посадки нескольких дисков и они начали проседать вместе с билами, под собственным весом, два раза за оборот (при верхнем и нижнем положении шпонки).
Здесь похожая картина. Возможно тоже "проседает" два раза за оборот что-то тяжёлое на валу, типа бочки ротора или вентилятора с приводной стороны, если таковой имеется, либо сам ротор в сборе "проседает" в подшипниковом узле. А шестая гармоника возможно следствие ударов вала при "проседании" в слегка вынесенный из щита подшипниковый узел.
Изменения вибрации во времени, после пуска, причём динамика при пуске из холодного и горячего состояния разная, что скорее всего связано с температурой ротора и/или подшипника, а вернее с зазорами которые меняются при изменении теплового состояния ротора.
Втулка может болтаться как из-за геометрии, шейку вала вроде восстанавливали, типа небольшой конусности, овальности или бочкообразности. Либо из-за попавшей грязи, типа песка, заусеницы и т.п.. Либо тупо уронили втулку и получили забоину в районе посадочного места или на торце. Не исключаю забоину и на посадочном месте самого вала.

Похоже, в данном случае, только вскрытие покажет. Причём, далеко не каждый, даже опытный слесарь, может грамотно проконтролировать прилегание втулки к шейке вала по краске.

И как ещё возможный вариант. Перекос внутренней обоймы подшипника, по вине втулки или шейки вала и затирание вала за уплотнения два раза за оборот.

Поскольку автор вопроса сообщил, что проблема после всех рекомендованных мероприятий сохраняется, я еще раз просмотрел графики и обратил внимание на то, на что раньше не обращал - выделяющиеся четные гармоники в вертикальной вибрации двигателя.
Я уже неоднократно встречал агрегаты с плавным, почти периодическим в несколько часов изменением уровней вибрации в осевом направлении, и причиной, чаще всего оказывалась муфта с небольшим перекосом. Из-за перекоса росло трение, она грелась и "клинила", вибрация росла, но трение в муфте падало, после остывания муфты все повторялось, и проявлялась четкая корреляция температуры муфты и общего уровня вибрации. При этом в спектре выделялись четные гармоники, они характерны для вращения несоососных валов с проблемными муфтами. Что касается осевой вибрации на 6 гармонике, она при может появиться, например, из-за нелинейности сил реакции подшипника на осевое перемещения вала в подшипнике дважды за оборот, которое всегда растет при несоосности валов с упругими и зубчатыми муфтами
Но все эти эффекты должны пропадать при размыкании муфты и запуске электродвигателя на холостом ходу, поэтому хотелось бы убедиться, что и в этом случае в осевой вибрации данного двигателя доминирует шестая гармоника оборотки. Если даже она сохраняется, все равно советую проверить, нет ли корреляции между скачками вибрации и температуры муфты

Алексей Васильевич, добрый день.
Это логичная версия. Думаю, нам действительно стоит провести ряд экспериментов в этом направлении (по результатам напишу). Но в периоды всех продолжительных остановок, мы проводим проверки соосности\центровку в допуск ниже 0,1 мм как по угловым, так и по радиальным показателям. Так же стоит учитывать, что на агрегатах установлена муфта Rupex (фирмы Flender) с оппозитным расположением пальцев и диаметром 1 м, для нее по каталогу Flender даны мягко говоря не маленькие допуска (1,24 мм на радиальное раскрытие и 1,26 мм/Ø на угловое). Такие цифры указывают на высокие компенсационные свойства данной муфты.
Хотя конечно агрегаты подвержены довольно таки тяжелым пускам и частичные сдвиги исключать нельзя, постараемся в перспективе это измерить. И повторно снять спектра с расцепленных агрегатов.