Уважаемый Руслан,
Да, конечно можете использовать любой из спектров вибрации, Вам ведь нужна только амплитуда и фаза первой гармоники, но во всех используемых точках контроля. Более того, анализируя полученные спектры (кратные гармоники) в разных точках контроля, можно оценить природу действующих колебательных сил на частоте вращения, не всегда это только центробежные силы, которые можно компенсировать установкой на ротор балансировочных масс.
Что касается выбора одного или другого вида спектра, особых преимуществ в порядковом или синхронном спектре я не вижу. Хотя, возможно, точность определения амплитуды и фазы первой гармоники в синхронном спектре может оказаться чуть-чуть выше.